今回から明治時代に入っていきます。
まずは１つめのポイント、明治新政府の体制構築と同時並行していた戊辰戦争についてです。

まずは、戊辰戦争が起きたきっかけをおさらいしておきましょう。薩摩・長州を中心とする新政府側は、小御所会議で徳川慶喜の辞官・納地を決定するなど、圧力をかけてきたのでした。それに対して、旧幕臣が暴発する形で、戦争が始まったのです。
構図としては、天皇の後ろ盾を得た新政府軍が官軍となり、旧幕府軍は反乱軍として扱われたということをおさえておきましょう。
ちなみに、新政府軍をイギリスが、旧幕府軍をフランスが、それぞれ支援しました。

最初の戦闘は、1868年１月、京都近郊で起きた鳥羽・伏見の戦いです。
ここから戊辰戦争が始まり、何度か戦闘が発生しますが、基本的には全て新政府軍が勝利します。

同年４月には、新政府軍代表の西郷隆盛と旧幕府軍代表の勝義邦（勝海舟）が会談し、、江戸城が無血開城されました。これで、江戸も新政府軍の支配下に置かれました。

旧幕府軍の中には、それでも戦いを続けようとする人もいました。そうした、東北・北陸地方 （陸奥・出羽・越後） の旧幕府勢力の間では奥羽越列藩同盟が結ばれ、各地で激戦が繰り広げられましたが、やはり旧幕府軍の敗色はぬぐいがたいものでした。

10月以降、北海道の箱館まで逃れた榎本武揚ら旧幕臣が五稜郭に立てこもって戦います。しかし、最終的にはこれも敗北し、戊辰戦争は終結します。
これにより、旧幕府軍の抵抗は、完全に鎮圧されたということになります。